大专毕业证书的存档方式通常有以下几种：
学校存档
毕业后，档案可以继续由学校保管，但通常限制在两年内。
如果计划出国，可以将档案存放在留学教育服务中心。
人才交流中心
可以将档案存放在当地的人才交流中心，特别是对于没有工作单位或工作单位没有人事档案管理权限的毕业生。
工作单位
如果毕业后找到工作单位，特别是国企、央企等事业单位，可以将档案存放在单位的人事部门。
户籍地人才中心
对于没有工作单位的毕业生，可以选择将档案存放在户籍地的公共就业和人才服务机构。
街道办事处或派出所
对于没有工作单位的自考大专毕业生，可以选择将档案存放在当地的街道办事处或派出所。
档案服务公司
如果自己处理档案存档较为困难，可以委托专业的档案服务公司帮助存档。
在存档时，请确保档案的密封性和完整性，并携带必要的个人身份证明文件和毕业证书原件及复印件。具体存档流程和要求可能因地区或机构而异，建议直接咨询相关存档机构以获得最准确的信息