燕京地区至少有一所大学，即 燕京大学。燕京大学是一所历史悠久的大学，创办于1919年，其前身是由美国及英国基督教教会联合在北京开办的三所教会学校合并而来。燕京大学在历史上曾享有很高的声誉，与当时的清华大学和北京大学并称为中国三所最著名的大学之一。
然而，需要注意的是，燕京大学在2021年已经正式停止招生，其校园被转交给北京大学，成为北京大学的燕京校区。因此，目前燕京地区并没有独立的燕京大学，但北京大学的燕京校区仍然在燕京地区。
此外，燕京地区还有其他一些大学，如华北科技学院、防灾科技学院、交通运输部管理干部学院、民政部管理干部学院、北京经济职业技术学院、中国防卫科技学院—文理学院（东校区）、北京化工大学北方学院（现改名为燕京理工学院）、中央美术学院燕郊校区和北京社会管理职业学院等。